Sí, tranqui, los backups no se pierden 
Si tu servidor de Veeam (VBR) se muere y no tienes cómo recuperar la configuración de los jobs, igual puedes volver a conectarte al repositorio de Backblaze sin problema. Lo importante es que los archivos de backup sigan ahí en el bucket.
Cuando levantes un nuevo servidor con Veeam, simplemente agregas otra vez el repositorio de Backblaze (con las mismas credenciales y ruta al bucket), y después usas la opción de “Import Backup”. Eso hace que Veeam detecte los archivos que ya existen y los muestre como backups importados. Vas a poder restaurar desde ahí sin drama.
Lo único que no vas a recuperar son los jobs en sí (sus programaciones, retenciones, etc.), porque eso se guarda en la base de datos del VBR viejo. Pero los backups quedan intactos.
Mi consejo es, activá el Configuration Backup en Veeam y guardalo también en Backblaze o en otro lado. Así, si se vuelve a romper el servidor, restauras todo en minutos y ni siquiera tienes que importar nada manualmente.