Il testo riportato nella documentazione può essere fuorviante… ma molta della confusione deriva dal fatto che per SQL Server le opzioni di HA sono diverse. C’è il clustering “tradizionale” (FCI - Failover Cluster Instance) con storage condiviso e replica a livello di intera istanza, poi c’è AlwaysOn Availability Groups (AAG) che non richiede storage condiviso e replica a livello di singolo database. Entrambe le modalità si poggiano sulle funzionalità di clustering di Windows, quindi tecnicamente sono cluster Windows, ma “sotto il cofano” ci sono varie differenze. Maggiori info qui: Failover cluster instance with availability groups - SQL Server Always On | Microsoft Docs
Giusto per non farci mancare nulla, si può in effetti creare dei gruppi AlwaysOn ospitati su istanze che sono tra di loro clusterizzate (FCI). Una sorta di “clustering tra cluster” (il primo a livello database, dentro il secondo a livello di istanza). Ecco, la dicitura “AlwaysOn Availability Groups based on multiple Failover Cluster Instances are not supported” nella nostra documentazione si riferisce proprio a quel caso lì. Onestamente non ne ho mai visto uno di cluster fatto così, ma se può essere fatto, prima o poi qualcuno lo farà, ne sono sicuro
Per il resto, quanto riportato nelle Best Practices (Microsoft SQL Server - Veeam Backup & Replication Best Practice Guide) è assolutamente corretto: sia la modalità di backup VM (agentless) sia quella Agent-based supportano istanze SQL singole e gruppi AlwaysOn. Ovviamente i cluster “tradizionali” (FCI) con storage condiviso invece puoi salvarli solo tramite Agent.
Spero sia più chiaro