Veeam Backup for O365 soporta inmutabilidad usando repositorios objeto, si. Pero hay un pequeño matiz al usarlo: Se puede hacer backup directo a un repositorio objeto directamente; pero si este tiene activada la inmutabilidad S3, por ahora (version 7) solo puede ser destino de un Backup Copy Job.
Este es el proceso (pongo solo las capturas mas relevantes):
-Se crea un Object Storage Repository:

que puede ser inmutable o no:

Y luego se crea un backup repository sobre el object storage backup repository creado antes (es como un paso mas que en VBR)

Y aqui es la eleccion: si no se marco la casilla “immutable” se puede crear un Data Backup Job

Pero si se marco como “Immutable”, solo puede ser destino de un backup copy job, el backup job debe apuntar a otro repositorio (que puede ser objeto no inmutable)

Pues eso; usar inmutabilidad tiene todo el sentido para proteger los datos de 365, asi que se trata de establecer bien la estrategia.
Un saludo!